ՀՀ քննչական կոմիտեի ՀԿԳ քննության գլխավոր վարչության ընդհանուր բնույթի և ընտրական հանցագործությունների քննության վարչությունում Հրայր Թովմասյանի` ՀՀ արդարադատության նախարար պաշտոնավարման ժամանակահատվածում, ՀՀ արդարադատության նախարարության աշխատակազմի օրինականության վերահսկողության տեսչության պետի պաշտոնը զբաղեցրած Նորայր Փանոսյանի և ՀՀ ԱՆ ու Երևանի քաղաքապետարանի այլ պաշտոնատար անձանց կողմից իրենց պաշտոնեական լիազորությունները չարաշահելու դեպքերի առթիվ քննվող քրեական գործով նախաքննության ընթացքում ձեռնարկված մեծածավալ քննչական և դատավարական գործողությունների արդյունքում տվյալներ են ձեռք բերվել` առերևույթ կատարված հանցագործություններին Հրայր Թովմասյանի ուղղակի մասնակցության վերաբերյալ, հիմնավորվել է Բաղրամյան 1 փկղ. 14 շենքի թիվ 162 տարածքը Երևանի քաղաքապետարանի կողմից կազմակերպված աճուրդի արդյունքներով` փաստացի նրա կողմից ձեռք բերված լինելու հանգամանքը:
Քննչական կոմիտեի հայտարարության համաձայն, նկատի ունենալով, որ քրեական գործի նախաքննության ընթացքում ձեռք են բերվել Հրայր Թովմասյանի՝ որպես ՀՀ արդարադատության նախարարի պաշտոնը զբաղեցրած անձի կողմից իր պաշտոնեական լիազորությունները չարաշահելու, որն անզգուշությամբ առաջացրել է ծանր հետևանքներ՝ ՀՀ քրեական օրենսգրքի 308-րդ հոդվածի 2-րդ մասով նախատեսված առերևույթ հանցագործություն կատարելու վերաբերյալ տվյալներ, իսկ ՀՀ քրեական դատավարության օրենսգրքի 190-րդ հոդվածի 6-րդ և 10-րդ մասերի համաձայն` Հայաստանի Հանրապետության օրենսդիր, գործադիր և դատական իշխանության մարմինների ղեկավար աշխատողների, պետական ծառայություն իրականացնող անձանց` իրենց պաշտոնեական դիրքի կապակցությամբ հանցակցությամբ կամ նրանց կատարած հանցագործությունների վերաբերյալ գործերով նախաքննությունը կատարում են բացառապես ՀՀ հատուկ քննչական ծառայության քննիչները, ուստի քրեական գործն, ըստ քննչական ենթակայության, ուղարկվել է ՀՀ հատուկ քննչական ծառայություն:
Ավելի վաղ պատգամավոր Արման Բաբաջանյանի հայտարարության հիման վրա, ըստ որի, 2018 թվականին մի խումբ պաշտոնյաներ, այդ թվում՝ Սահմանադրական դատարանի նախագահ Հրայր Թովմասյանը, օրինախախտումներով բռնազավթել են ՍԴ նախագահի պաշտոնը, Հատուկ քննչական ծառայությունը քրեական գործ հարուցեց, որի շրջանակներում որպես կասկածյալ է ներգրավվել Ազգային ժողովի նախկին նախագահ Արա Բաբլոյանը։ Այնուհետև կալանավորվեց ԱԺ աշխատակազմի ղեկավարի նախկին տեղակալ Արսեն Բաբայանը՝ իշխանության յուրացմանը օժանդակելու և պաշտոնեական կեղծիք կատարելու մեղադրանքներով: Ինչ վերաբերում է Թովմասյանին, ըստ Սահմանադրության, ՍԴ նախագահին մեղադրանք առաջադրելու համար անհրաժեշտ է բարձր դատարանի որոշումը։